Für das Leibniz-Institut für Europäische Geschichte als Mitgliedseinrichtung der Leibniz-Gemeinschaft ist der Leibniz-Kodex Gute wissenschaftliche Praxis einschlägig. Er beschreibt umfassend den Bereich der wissenschaftlichen Integrität und stetzt verbindliche Standards. Der Leibniz-Kodex spezifiziert die Kriterien guten wissenschaftlichen Arbeitens, die Definitionen von Fehlverhalten und die Rolle und Befugnisse des zentralen Ombudsgremiums der Leibniz-Gemeinschaft in der Leitlinie gute wissenschaftliche Praxis, die ebenso für alle Leibniz-Einrichtungen verbindlich ist. Mit dem Leibniz-Kodex setzt die Leibniz-Gemeinschaft den DFG-Kodex »Leitlinien zur Sicherung guter wissenschaftlicher Praxis« um.

Zur Sicherung guter wissenschaftlicher Praxis unterhält das IEG zudem eine langjährige Kooperation mit der Johannes Gutenberg-Universität (JGU) Mainz. In einer (2023 erneuerten) Kooperationsvereinbarung erkennt das IEG die Ordnung der JGU zur Sicherung guter wissenschaftlicher Praxis in ihrer jeweils gültigen Fassung rechtsverbindlich an und wendet sie sinngemäß an. Das IEG verpflichtet sein wissenschaftliches Personal darauf, die Regelungen der Ordnung einzuhalten. Den Mitarbeiter:innen des IEG stehen die Ombudspersonen der JGU in Fragen guter wissenschaftlicher Praxis als Ansprechpersonen zur Verfügung. Auch die Kommission zur Untersuchung des Verdachts wissenschaftlichen Fehlverhaltens steht dem IEG zur Verfügung.